Il y a deux modes de visualisation courants : Space-filling et ball-and-stick. Dans le mode ball-and-stick (boules et bâtons), chaque petite boule représente un atome, et les bâtons représentent les liaisons entre atomes. Dans le mode space-filling, chaque sphère pleine représente le volume approximatif qu’occupent les électrons autour de chaque atome. Dans les deux modes, les atomes de carbone sont en gris foncé, ceux d’hydrogène en gris clair (certains atomes d’hydrogène ne sont pas du tout dessinés), ceux d’oxygène sont en rouge, ceux de nitrogène sont en bleu, et ceux de sulfure sont en jaune.